IPBES i Danmark forankrer IPBES’ viden og ressourcer i danske fagmiljøer og politik. IPBES arbejder tværfagligt og inddrager derfor forskere fra en bred vifte af faglige miljøer. Samtidig sørger det danske kontor for, at den viden, IPBES udarbejder på baggrund af ønsker fra medlemslandene, overleveres til de danske beslutningstagere, når konklusionerne er godkendt. Endelig sørger IPBES i Danmark for at formidle IPBES’ resultater til både beslutningstagere og den øvrige danske befolkning.
IPBES i Danmark er finansieret i et partnerskab mellem seks danske universiteter: Aalborg Universitet (AAU), Aarhus Universitet (AU), Copenhagen Business School (CBS), DTU Aqua, Københavns Universitet (KU) og Syddansk Universitet (SDU). Miljøministeriet indgår som regeringens kontaktpunkt for IPBES i Danmarks styregruppe.
En ny samarbejdsaftale 2023-2025 er underskrevet af de seks universiteter og Miljøministeriet om det danske IPBES-samarbejde i en ny periode på tre år gældende frem til 2025. Aftalen er underskrevet på rektorniveau og af ministeriets departementchef, hvilket sikrer, at samarbejdet om IPBES er solidt forankret i de respektive institutioner.